在现代行政中，行政合同作为一种新型的行政方式，能够越来越为人们所接受，是因为行政合同既不象行政命令那样强硬，又不象民事合同那样自由随便，是一种富有弹性和灵活性的新型管理形式，具有传统的行政行为所无法替代的功能。
1、化解矛盾纠纷功能。行政合同的订立使合同双方的争议更易于解决。行政合同因其双方权利、义务关系的确定性、明晰性，双方在发生争议后，比较容易通过法律途径化解矛盾纠纷。
2、补充法律不足功能。行政主体通过行政合同，在法律没有规定的情况下与行政相对人，通过合意来形成其所预期的行政法上的权利义务关系，从而达到弥补立法的不足，并在一定条件下替代立法规制的效果。
3、变革管理观念功能。行政合同的出现引起了观念上的巨大变革，在理论层面，对现代行政法的概念、基本原则以及制度创新、对市场经济下行政管理方式和管理体制的变革都有积极意义。
4、平衡公私权益功能。在规制行政中，代表公益的具体行政行为以单方意志和强制手段为主要特征，与相对人的私益之间是命令与服从的关系，行政公益往往不顾及私益的存在，公益高于私益，这种行政手段如果使用不当，则会对私益造成损害。而行政合同作为一种特殊的行政手段，可以维持公益与私益的平衡，相对人的正常利益可以得到满足，行政管理目标可以得到实现。
5、减少行政阻力功能。传统的行政模式是国家的政策靠政府单方的强力推行。现代行政模式下，政府往往须得到相对人的自愿合作才能取得理想效果，而行政合同在获得相对人自愿合作方面具有突出的优势。行政目的通过行政合同的自觉履行来实现，行政强制手段只是一种次要的辅助手段。行政合同在获得相对人合作，减少行政阻力方面具有卓越的功能。
6、明晰权利义务功能。行政合同是在依法行政理念支配下使契约自由原则在行政管理领域内尽可能发挥，所以行政行为由于其通过合同的方式使双方当事人的权利、义务关系确定和明晰，从而使行政主体将要达到的行政目标予以明确落实，从而保障行政目标的顺利实现。
7、扩大行政参与功能。行政合同可以扩大行政参与，更好地发挥行政相对人的积极性和创造性。在行政合同这种新型的管理形式中，由于对行政目标的实现方式以及内容的选择，由行政主体与相对人协商确定，并将相对人是否同意作为行政合同能否成立的主要条件，对行政相对人来说，订立行政合同的过程即是参与行政管理的过程，这样可以使他们更好地发挥积极性、创造性。
